Sono organi di Confagricoltura Foggia:

• l’Assemblea Generale
• il Consiglio Direttivo
• il Comitato di Presidenza
• il Presidente
• il Collegio dei revisori dei conti
• il Collegio dei Probiviri

In Assemblee di Comprensorio vengono eletti i Delegati che compongono l’Assemblea Generale di Confagricoltura Foggia e il Presidente del Comprensorio.

I Delegati eletti compongono il Consiglio di Comprensorio e designano i rappresentanti dei rispettivi Sindacati di Categoria e Sezioni di Prodotto i cui Presidenti fanno parte del Consiglio Direttivo di Confagricoltura Foggia. L’Assemblea Generale di Confagricoltura Foggia si riunisce ogni anno e ogni quattro anni nomina il Presidente, i tre Vice Presidenti, cinque componenti il Consiglio Direttivo, i Revisori dei Conti ed il Collegio dei Probiviri.